法人税等の中間納付額を費用化すると赤字になってしまうので仮払処理として処理する方法はありませんか？

それをシステムで自動で翌期の処理も含めて対応することは現時点ではできておりません。

自動処理できていない仮払処理を行う場合は、当期の処理と翌期の処理も含めて別表４と５の調整をご自身で理解しているという前提で、ご自身で別表４画面と別表５(1)画面の加算減算の入力を行なっていただくことになります。

このような状況で、赤字にしたくないという理由のためだけに、学習コストをかけて、複雑な別表処理をするか、自動的に確定申告書を済ませるかという選択で、全力法人税では、後者を迷わず採用している次第です。